Против него возбудили уголовное дело по ст. 315 УК (неисполнение вступившего в законную силу решения суда), максимальное наказание по ней — год лишения свободы. Причиной возбуждения дела стало неисполнение решения суда об удалении видеоролика с расследованием «Он вам не Димон».
31 мая 2017 года Люблинский суд Москвы удовлетворил иск миллиардера Алишера Усманова к Алексею Навальному и ФБК, признав сведения, распространенные в видео, не соответствующими действительности и порочащими честь бизнесмена. Суд обязал Навального и ФБК удалить фильм «Он вам не Димон».
Усманов требовал опровержения информации о подаренном им премьеру Дмитрию Медведеву «дворце на Рублевке», взятке вице-премьеру Игорю Шувалову и цензуре в издательском доме «КоммерсантЪ», которым владеет бизнесмен. Алексей Навальный тогда заявил, что не намерен выполнять решение суда: «То, что мы видели, нельзя назвать судебным процессом. Были отклонены все ходатайства, все документы, суд отказался слушать всех свидетелей».
Позже Рубанов сообщил, что ФБК удалил из ролика фрагменты, оспариваемые Усмановым, но отметил, что сотрудники фонда не несут ответственности за ролики, опубликованные на личном YouTube-канале Навального.
Сегодня Навальный подтвердил, что не намерен удалять информацию со своего канала, а для фонда «это решение в принципе неисполнимо». «Дело если возбуждать, то против меня. Но Путину не нравится Фонд борьбы с коррупцией еще больше, чем не нравлюсь конкретно я. Это институция. Структура, которая спокойно работает, даже когда я сижу под арестом», — заявил Навальный.
По его словам, он ожидал, что 2019 станет годом, когда ФБК попытаются разгромить. Он также выразил уверенность, что против нынешнего директора ФБК Ивана Жданова, которого пока допросили в качестве свидетеля, тоже могут возбудить уголовное дело.