Сафронов является фигурантом дела о госизмене. ФСБ считает, что он с 2017 года сотрудничал с представителем спецслужб Чехии и передавал ему информацию о военно-техническом сотрудничестве с «ближневосточным африканским государством». Конечным получателем информации, по мнению следствия, были США. «Интерфакс» писал, что речь идет о гражданине Чехии Мартине Ларише, который был журналистом газеты Lidove noviny, я затем учредил «Агентство анализа и профилактики безопасности». Сафронов говорил, что в 2017-2019 годах готовил для Лариша дайджесты по открытым источникам для платной рассылки.
В «Коммерсанте» и «Ведомостях» Иван Сафронов занимался темой оборонной отрасли. В «Роскосмосе» он проработал 1,5 месяца. Сообщалось, что ФСБ предлагала Ивану Сафронову выдать его источники, также назначалась экспертиза его заметок. При этом следствие настаивает, что дело не связано с его журналистской работой.