Как указано на сайте прокуратуры, Ассоциация «эксплуатирует тему так называемых «северных территорий», под которыми подразумеваются российские острова Итуруп, Кунашир и острова Малой Курильской гряды и публично заявляет о непризнании над ними юрисдикции России». Кроме того, она распространяет литературу и сувениры, содержащие «элементы картографической экспансии».
В июне 2024 группа депутатов Госдумы обратилась в ведомство с просьбой признать японскую организацию «нежелательной» на территории России. «Ассоциация по вопросам северных территорий, созданная по решению правительства Японии под кураторством кабинета министров. У них задача добиться передачи части «северных территорий» — так они называют наши острова Кунашир, Итуруп. Ассоциация продолжает эту экстремистскую деятельность, связанную с посягательством на территориальную целостность РФ», — заявил тогда депутат Василий Пискарев.
«Ассоциация по вопросам северных территорий» ставит своей целью просветительскую деятельность. «Проблема Северных территорий заключается в том, что во время окончания Второй мировой войны советские войска вторглись на четыре Северных острова (архипелаг Хабомаи, остров Шикотан, остров Кунашир и остров Итуруп), которые являются исконными территориями нашего государства, и по сей день Россия продолжает их оккупировать без юридических оснований», — говорится на сайте организации.
Реестр «нежелательных» организаций ведется в России с 2015 года. «Нежелательными» могут признать иностранные или международные организации, которые, по мнению властей, представляют «угрозу основам конституционного строя Российской Федерации, обороноспособности страны или безопасности государства». Таким организациям запрещено вести деятельность на территории страны.
Участие в деятельности «нежелательной организации» карается административной ответственностью в виде штрафа от 5000 до 15000 рублей. В случае повторного нарушения в течение года после первого штрафа за участие в деятельности «нежелательной» организации наступает уголовная ответственность, начиная с штрафов от 300 до 500 тыс. рублей до лишения свободы от одного года до четырех лет. Причем это распространяется и на участие в деятельности за пределами России.