Председателем партии «Яблоко» участники съезда избрали Николая Рыбакова. На выборах основную конкуренцию ему составили занявший второе место глава Псковского отделения партии Лев Шлосберг и предыдущий председатель Эмилия Слабунова.
Также избраны и заместители председателя «Яблока». Ими стали экономист Сергей Иваненко (он был зампредом и при Эмилии Слабуновой), лидер фракции партии в Законодательном собрании Санкт-Петербурга Борис Вишневский и политолог, член Бюро партии прошлого созыва Иван Большаков.
Первым председателем «Яблока» был Григорий Явлинский, который возглавлял партию до 2008 года. В 2008-2015 гг., два срока, председателем был Сергей Митрохин. С декабря 2015 года «Яблоко» возглавляла депутат Заксобрания Карелии Эмилия Слабунова.