Александр Шестун был задержан 13 июня после того, как 40 человек в масках — "тяжелые" , то есть, спецназ ФСБ по определению его жены, Юлии Шестун, — ворвались в дом в 6:40 утра и потом на протяжении многих часов проводили обыск в его доме и в офисе. По словам Юлии, обыск проходил в самой жесткой форме, ее дочь положили на пол лицом вниз, а к Шестуну отказывались вызвать врача, когда ему стало плохо, а потом не дали госпитализировать, хотя "Скорая" считала это необходимым, рассказала NT Юлия. Ранее обыски прошли в помещении администрации Серпуховского района, а две сотрудницы Шестуна оказались под арестом.
Шестуну инкриминируют превышение полномочий в виде выделения земельных участков десять лет назад. СК настаивает, что Шестун нанес ущерб государству на сумму 62,8 млн руб.
Сам Шестун и на суде, и раньше говорил, что преследование, которому он подвергается, это месть со стороны главы Подмосковья Андрея Воробьева, начальника внутренней политики АП Александра Ярина и начальника управления "К" (преступления в финансовой сфере) Службы экономической безопасности ФСБ генерала Ивана Ткачева. Ранее Шестун в своем обращении к президенту выложил записи своих разговоров с Яриным и Ткачевым , которые в жесткой форме настаивали , чтобы он добровольно подал в отставку. По мнению пресс-секретаря Шестуна, Влады Русиновой, поиск аудиозаписей могло быть главной причиной обыска. Деталь: прежде чем выложить аудиозаписи, Шестун отправил их Ярину и Ткачеву.
Александр Шестун является последним в Подмосковье избранным главой района. По его словам, причиной принуждения его к отставке стало желание подольской ОПГ поставить на район своего человека: вблизи города находится свалка твердых отходов "Лесная" , которая приносит многомиллионные барыши тем, кто занимается мусорным бизнесом. Против этой свалки регулярно протестуют жители района.